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一个神奇的网站:三步秒速画图一键鼠标发文章
作者:admin      发布时间:2019-09-06

  对于许多临床工作者或者研究生而言,平时没有时间做实验,打代码学生信又很难。随着现在越来越多在线分析网站的涌现,零代码在线分析也可以发paper!就像之前推荐:

  用户可以通过该网站全面分析目标基因在肺癌中的表达和临床相关性。大家也可以尝试将这个网站应用到自己的paper里。

  该网站收录了56项研究,包括6700多名肺癌患者的基因表达数据和临床数据。

  Meta分析结合了来自多个肺癌数据集,通过森林图来总结肿瘤与正常表达差异和生存荟萃分析的风险比。

  可以选所有肺癌类型(包括上皮,神经内分泌,间充质等肺癌类型);肺腺癌;鳞状细胞癌。心情烦闷时读的句子(余秋雨和周国平的经典语录各20句)(PS:可惜没有小细胞肺癌的选项)

  可通过生存分析测量所选数据集中目标基因的总体存活与表达之间的关联。用户可以根据临床特征(例如性别,年龄,组织学类型和吸烟状况)选择患者的子集。结果显示Kaplan-Meier生存图和基因表达的密度图。

  比较分析允许用户比较来自不同组织类型或来自具有不同临床特征的患者的样品的基因表达。用户可以根据一个或多个临床特征定义两个样本组。最后结果通过箱线图显示所选组的目标基因表达水平。

  相关分析将选定数据集中用户目标基因列表之间的表达相关性,最后结果通过聚类热图显示:

  系统分析包括两大部分:肿瘤-正常组织基因表达差异;存活与基因表达之间的关联。

  除此之外,网站还提供肺癌的数据集下载。(惊喜的是,网站直接用excel文件整理好了表达数据,可以直接下载。)

  这个发表在nature子刊上的数据库果真不同凡响!可以说是研究肺癌的得力利器!该网站收集了GEO、TCGA、 ArrayExpress绝大部分的肺癌数据,不用R语言,可以直接分析将Figure放在文章里。

  作者直接用LCE网站分析了GSE19188数据,将分析的箱型图放在paper里。

  赶快将这个网站工具应用在你的paper里啊!(友情提示:网站的加载速度极其慢!要有足够的耐心)

  回答上次读者留言的问题,今天推荐的这个网站就可以做meta分析哦,但是不能选特定的数据集分析,且只有肺癌的meta分析。如果要做其他癌种的话,可以通过MetaIntegrator包实现。

  除此之外也收集了各种针对GSE、TCGA数据的meta分析的工具。还有一个教授推荐了(可是我打不开这个网站....)关于GEO临床数据的下载下次推送!

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